La designación de un área protegida no es suficiente si es que no se elabora un Plan de Manejo o Administración. Éstos establecen las directrices para proteger y conservar un área específica, y son fundamentales para mantener en el largo plazo los objetivos de conservación. Sin un plan de manejo las áreas protegidas quedan expuestas a amenazas como la extracción de recursos, la contaminación, entre otras. De un total de 28 Áreas Marinas Protegidas, 22 no cuentan con plan de manejo (79%)